microRNA（miRNA）作为基因表达的重要调节因子，在近年来被广泛研究。目前，人们利用各种不同的技术来确定生物样品中miRNA的相对丰度，包括小RNA测序、RT-qPCR和芯片等。这些技术究竟孰优孰劣？比利时根特大学领导的团队比较了12种miRNA表达分析平台，并将其结果发表在6月29日的《Nature Methods》在线版上。
miRNA虽小，却在许多生物过程中扮演了重要角色，而它们也有望成为疾病诊断的标志物以及治疗的靶点。然而，由于成熟miRNA很小， miRNA家族成员之间的同源性高，而且miRNA在体液中的丰度较低，故miRNA的检测和定量颇具挑战性。近年来，一些miRNA表达谱分析技术被开发出来，并成功应用于miRNA表达的定量。不过，它们的性能未经过彻底评估。
为此，比利时根特大学（Ghent University）的研究人员联合各大miRNA表达分析技术的供应商，全面评估了12种不同的miRNA表达谱分析平台的性能。这12个平台来自9个供应商，涉及到定量PCR、杂交和测序三种技术，具体如下。
| 定量PCR | 杂交 |
| miRCury（Exiqon） | microarray（Affymetrix） （上海伯豪Affymetrix miRNA服务） |
| OpenArray（Life Tech） | microarray（Agilent） （上海伯豪Agilent miRNA服务） |
TaqMan Cards（Life Tech） （上海伯豪Taqman microRNA服务） | nCounter（Nanostring） |
| TaqMan Cards preAmp（Life Tech） | |
| TaqMan Cards preAmp（Life Tech） | 测序 |
| qScript（Quanta BioSciences） | TruSeq（Illumina） （上海伯豪miRNA测序服务） |
| SmartChip（WaferGen） | Ion Torrent（Life Tech） |
在这项研究中，他们利用每个平台分析16个（必选）和4个（可选）标准化的阳性和阴性对照样品，以评估各种性能，包括特异性、灵敏度、准确性和重复性。他们将每个参数转化成z-分数，以实现平台的直接比较。
分析表明，基于相同技术的平台可能有着非常不同的性能。这一点在qPCR平台的重复性和特异性上表现得最为明显。相比之下，灵敏度是技术相关的，qPCR平台有着整体上更好的分数。这种出色的灵敏度往往伴随着高的准确性，带来可靠的定量测定。芯片平台的灵敏度较低，即使是起始RNA不受限制时，而测序平台在RNA不受限制时较为灵敏，但起始RNA较低时也受到影响。
研究人员也发现，仅有少数平台能够捕获小的表达差异，其中前三名的平台分别为安捷伦的芯片、WaferGen的SmartChip和Illumina的TruSeq。因此，这一特征似乎与技术无关。
最后，作者也提到，每个平台都有其特定的长处和短处，大家应根据实验设置和具体的研究问题来选择合适的平台。
文章来源：生物通
原文出处：
Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control (miRQC) study
Nature Methods (2014) doi:10.1038/nmeth.3014
